頻繁に発生する事ではありませんが、
この原因は大概「同時アクセス」によるものです。
ログの更新は以下の一連の処理を行います。

ログを読み込み → 読みこんだログに新規記事を追加 → ログを上書き

「ログを上書き」するときに、ほんのわずかな時間ですが、
旧ログを一旦消して新ログを書くという処理を行います。

その旧ログを消したタイミングに、たまたま他の誰かの投稿があって
ログの読みこみ処理が重なると、 何もないログを読みこんだ状態となり、
後者の投稿処理で「何もない」ままログを「上書き」してしまってログが空っぽとなります。

対策としては、「ファイルロック機能（排他制御）」を使って破損を防いでいますが、
完全に防ぐ事は出来ません。

バックアップ作業は行っていませんので、消えたログの復活は出来ません。